We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
მე მაქვს თანმიმდევრობის მონაცემები (Illumina). ბიბლიოთეკის მომზადება ფოკუსირებული იყო მოკლე ncRNA-ებზე. მსურს ადამიანის miRNA-ების იდენტიფიცირება. როგორ ფიქრობთ, ეს შესაძლებელია უბრალოდაფეთქებაmirBase-ის ამჟამინდელი ვერსიის წინააღმდეგ და გაფილტრეთ გამომავალი მომწიფებული, ადამიანის miRNA-ებისთვის გამოყენების გარეშებაფთა/ტოფატიწინააღმდეგhg19პირველი?
მადლობა
თქვენ არ გჭირდებათ გამოყენებატოპქუდიმაგრამ უმჯობესია გამოიყენოთბაფთამაგივრადაფეთქება. უპირველეს ყოვლისა, თქვენ უნდა მოიცილოთ ადაპტერის თანმიმდევრობა (დამუშავების სხვა ნაბიჯებთან ერთად გასწორებამდე).
ახლა აქ ორი ასპექტია:
- miRNA რაოდენობრივი განსაზღვრა
- miRNA აღმოჩენა
პირველი შედარებით მარტივია, ხოლო მეორე მოითხოვს თქვენგან დამატებითი ტესტების ჩატარებას, როგორიცაა ფუძის მარყუჟების პროგნოზირება და ა.შ. გამოქვეყნებულია პროგრამული უზრუნველყოფა, რომელსაც შეუძლია გაუმკლავდეს ორივე ასპექტს (mirDeep,miRScanდა ა.შ.). იხილეთ ეს მიმოხილვა დეტალებისთვის miRNA გენის სხვადასხვა მპოვნელების შესახებ. მე გამოვიყენე miRdeep და იყენებსბაფთა-1გასწორება.
აფეთქებაიმუშავებს, მაგრამ თქვენ უნდა დააყენოთ პარამეტრები, რომლებიც შესაფერისია მცირე თანმიმდევრობებისთვის (გაზარდეთ E-მნიშვნელობის წყვეტა, შეამცირეთ სიტყვების ზომა და ა.შ.). უფრო მეტიც,აფეთქებაარ აქვს ათვლის ვარიანტი შეუსაბამობების რაოდენობისა და გასწორების ხანგრძლივობისთვის (მას აქვს მხოლოდ პოსტ-გასწორების ფილტრი პროცენტული იდენტურობისთვის).
მეც პირადად მირჩევნიაბაფთარადგან მას აქვს რაღაც ე.წn-გასწორების რეჟიმი. ამ რეჟიმში მთელი წაკითხული იყოფათესლიდაარათესლიანირეგიონები. თქვენ შეგიძლიათ მიუთითოთ თესლის რეგიონის სიგრძე და შეუსაბამობის წყვეტა. ვინაიდან miRNA-ებისთვის თესლის რეგიონი (2-8 ფუძე) კრიტიკულია მისი ფუნქციისთვის, მე ზოგადად ვაყენებთესლიშეუსაბამობის წყვეტა ნულამდე, ხოლო ნებადართულია ერთი ან ორი შეუსაბამობაარათესლიანირეგიონში (გაითვალისწინეთ, რომ ქბაფთაTheთესლიყოველთვის იწყება 1-დან).
ზოგადად, მე გირჩევდი, რომ წახვიდეmiRdeepმაგივრადაფეთქება. თუმცა,miRdeepმაშინვე არ ახორციელებს გასწორებას სექსუალურ თანმიმდევრობებთან მიმართებაში. ის ასახავს მომწიფებული თანმიმდევრობების მდებარეობას miRNA-მდე მიმდევრობებში (ღეროვანი მარყუჟები) და შემდეგ ასწორებს წაკითხულებს პრე-miRNA თანმიმდევრობებთან. თუ წაკითხვის მდებარეობას აქვს მნიშვნელოვანი გადახურვა სექსუალურ რეგიონთან (შეგიძლიათ დაარეგულიროთ ფანჯარა), მაშინ წაკითხვა განიხილება, როგორც მოქმედი miRNA.
